Последовательность Шайна-Дальгарно

Последовательность Шайна-Дальгарно (англ. Shine-Dalgarno sequence, Shine-Dalgarno box) была описана австралийскими учеными Джоном Шайном и Линн Дальгарно^[1] и является сайтом связывания рибосом на молекуле мРНК прокариот, обычно на расстоянии около 10 нуклеотидов до стартового кодона AUG^[2].

Консенсусом является последовательность из шести нуклеотидов AGGAGG; в случае E. coli последовательность Шайна-Дальгарно — AGGAGGU. Комплементарная последовательность CCUCCU, называемая последовательностью анти-Шайна-Дальгарно, располагается на 3'-конце молекулы 16S рибосомной РНК. Кoмплементарное взаимодействие между последовательностями Шайна-Дальгарно и анти-Шайна-Дальгарно служит для помещения старт-кодона мРНК в P-сайт рибосомы для начала биосинтеза белка^[3].

Мутации в последовательности Шайна-Дальгарно снижают эффективность трансляции. Снижение эффективности трансляции обусловлено снижением эффективности образования комплекса мРНК-30S рибосомная субъединица. Показано, что комплементарные мутации в последовательности анти-Шайна-Дальгарно обеспечивает восстановление эффективности трансляции.

В момент образования комплекса последовательности Шайна-Дальгарно и анти-Шайна-Дальгарно, с 30S рибосомной субъединицей связываются и факторы инициации трансляции IF2-GTP, IF1, IF3, а также инициаторная формилметионил-тРНК (fMet-tRNA). К образовавшемуся преинициаторному комплексу затем присоединяется 50S рибосомная субъединица^[4].

Белок S1 рибосом грамотрицательных бактерий

У грамотрицательных бактерий наличие последовательности Шайна-Дальгарно не является обязательным для распознавания старт-кодона. Например, показано, что делеция последовательности Шайна-Дальгарно из 16S рибосомной РНК не приводит к инициации трансляции по неправильным сайтам. Более того, некоторые мРНК прокариот вообще не содержат последовательности Шайна-Дальгарно. По-видимому, рибосомный белок S1 связывается с AU-богатыми последовательностями, которые находятся на расстоянии 15-30 нуклеотидов до стартового кодона.

См. также

• Консенсусная последовательность Козак.

Примечания

1. ↑ Shine J, Dalgarno L (1975). «Determinant of cistron specificity in bacterial ribosomes». Nature 254 (5495): 34–8. DOI:10.1038/254034a0. PMID 803646.
2. ↑ Kapp L.D. and Lorsch J.R. (2004) "The molecular mechanics of eukaryotic translation", Annual Review of Biochemistry 73, 657-704
3. ↑ Noller H.F. (2007) "Structure of the bacterial ribosome and some implications for translational regulation", In Translational Control in Biology and Medicine, pp.41-58. Edited by N. Sonenberg, J.W.B. Hershey and M.B. Mathews. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Press
4. ↑ Benelli D. and Londei P. (2009) "Begin at the beginning: evolution of translational initiation", Research in Microbiology 160, 493-501

Литература

• Voet D and Voet J. 2004 Biochemistry. 3rd Edition. John Wiley and Sons Inc: pp. 1321–1322 and pp. 1342–1343
• Noller H.F. (2007) "Structure of the bacterial ribosome and some implications for translational regulation", In Translational Control in Biology and Medicine, pp. 41–58. Edited by N. Sonenberg, J.W.B. Hershey and M.B. Mathews. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Press
• Benelli D. and Londei P. (2009) "Begin at the beginning: evolution of translational initiation", Research in Microbiology 160, 493-501

Внешние ссылки

• Conformational Dynamics within the Ribosome, J. Stephen Lodmell and Scott P. Hennelly