Международная классификация ферментов


Международная классификация ферментов

Шифр КФ (Классификация ферментов) или код фермента — это классификационный номер фермента по международной иерархической классификации. Принятая система классифицирует ферменты по группам и индексирует индивидуальные ферменты, что важно для стандартизации исследований.

Классификация ферментов основана и периодически обновляется Комиссией по ферментам (англ. Enzyme commission, отсюда термин «EC number», принятый в англоязычной литературе) при Международном союзе биохимии и молекулярной биологии. Каждый шифр КФ ассоциирован также с рекомендованным названием соответствующего фермента. Классифицировано более 3500 ферментов.

Содержание

Принцип классификации

Классификация ферментов учитывает реакционную и субстратную специфичности ферментов, а не их белковую структуру. Шифр КФ определяет химическую реакцию, катализируемую ферментом. По этой причине аналогичные ферменты (иногда десятки) из различных организмов имеют один КФ, несмотря на структурные различия.

Иногда различные ферменты одного организма имеют один КФ. Например, панкреатическая липаза и печёночная липаза принадлежат обе к КФ 3.1.1.3 благодаря катализированию одной химической реакции (гидролиз эфирной связи в триглицериде), хотя первый фермент является ферментом пищеварения и работает в кишечнике, а второй относится к ферментам обмена липопротеинов в крови.

Существует база данных UniProt [1] , которая идентифицирует каждый белок по его первичной последовательности. Обе базы данных дополняют друг друга.

Формат шифра

Каждый классификационный номер содержит сокращение КФ и последовательность из четырёх чисел, разделённых точкой, и составляется по определенному принципу. Каждое последующее число представляет собой всё более и более уточняющую классификацию фермента. Так как база данных постоянно обновляется коды могут меняться и некоторые коды могут оставаться незаполненными.

Класс

  • Код первого уровня (первое число, может быть от 1 до 6) указывает номер одного из шести главных классов ферментов (см. таблицу Коды первого уровня).

Подкласс

  • Код второго уровня (второе число) означает подкласс, характеризующий основные виды субстратов, участвующих в данном типе химических реакций. Например, у трансфераз вторая цифра указывает на природу той группы, которая подвергается переносу, у гидролаз — на тип гидролизуемой связи и т. д.

Под-подкласс

  • Код третьего уровня (третье число) определяет более частные подгруппы (под-подклассы), отличающиеся природой химических соединений доноров или акцепторов, участвующих в данной подгруппе реакций. У гидролаз, например, эта цифра уточняет тип гидролизуемой связи, а у лиаз — тип отщепляемой группы и т. д. Первые 3 числа шифра точно определяют тип фермента.

Код четвертого уровня

Наконец, все ферменты, относящиеся к данному под-подклассу, получают свой порядковый номер (четвёртое число в шифре).

КФ 1 — Оксидоредуктазы
КФ 1.1 — Алкогольоксидоредуктазы
КФ 1.1.3 — Оксидоредуктазы, окисляющие группу CH-OH и восстанавливающие кислород.
КФ 1.1.3.4 — Оксидоредуктазы, окисляющие глюкозу в присутствие кислорода. Всего известно 3 глюкозоксидазы из разных организмов.

Коды первого уровня

Класс Катализируемая реакция Тип реакции Важнейшие подклассы
КФ 1
Оксидоредуктазы
Окислительно-восстановительные реакции. Перенос атомов H и O или электронов от одного субстрата на другой AH + B → A + BH (восстановленный)
A + O → AO (окисленный)
дегидрогеназа, оксидаза, пероксидаза, редуктаза, монооксидаза, диоксигеназа
КФ 2
Трансферазы
Перенос функциональной группы от одного субстрата на другой. Это может быть метильная, ацильная, фосфатная группа или аминогруппа. AB + C → A + BC аминотрансфераза, фосфотрансфераза, C1-трансфераза, гликозилтрансфераза
КФ 3
Гидролазы
Образование двух продуктов из одного субстрата в результате гидролиза. AB + H2O → AOH + BH эстераза, гликозил-гидролаза, пептидаза, амидаза
КФ 4
Лиазы (синтазы)
Негидролитическое добавление или удаление группы к или от субстрата. Образование C-C, C-N, C-O или C-S связи. RCOCOOH → RCOH + CO2 C-O-лиаза, C-S-лиаза, C-N-лиаза, C-C-лиаза
КФ 5
Изомеразы
Внутримолекулярная перестановка, то есть изомеризация молекулы субстрата. AB → BA эпимераза, цис-транс-изомераза, внутримолекулярная оксидоредуктаза и др.
КФ 6
Лигазы (синтетазы)
Соединение двух молекул в результате синтеза новой C-O, C-S, C-N или C-C связи, сопряжённое с одновременным гидролизом АТФ. X + Y+ ATP → XY + ADP + Pi C-O-лигаза, C-S-лигаза, C-N-лигаза, C-C-лигаза

История

Схема номенклатуры ферментов была впервые разработана в 1955 году, когда Международный конгресс биохимии в Брюсселе учредил Комиссию по ферментам (Enzyme Commission). Первая версия номенклатуры появилась в 1961 году и включала около 900 ферментов, в версии 1978 года было более 2000 ферментов. Версия 1995 года содержит более 3500 ферментов.

Ссылки

  1. ENZYME (Enzyme nomenclature database). ExPASy. Проверено 14 марта 2006.

См.также

Шаблон:Ферменты


Wikimedia Foundation. 2010.

Смотреть что такое "Международная классификация ферментов" в других словарях:

  • классификация ферментов — КФ Международная четырехзначная номенклатура ферментов: 1 й знак класс ферментов (1 оксиредуктазы; 2 трансферазы; 3 гидролазы; 4 лиазы; 5 изомеразы; 6 лигазы); 2 й и 3 й знаки подклассы и подподклассы ферментов; 4 й знак порядковый номер в… …   Справочник технического переводчика

  • классификация ферментов — Enzyme Classification (EC) классификация ферментов (КФ). Международная четырехзначная номенклатура ферментов: 1 й знак класс ферментов (1 оксиредуктазы; 2 трансферазы; 3 гидролазы; 4 лиазы; 5 изомеразы; 6 лигазы); 2 й и 3 й знаки подклассы и… …   Молекулярная биология и генетика. Толковый словарь.

  • Приложение. Список сокращений — a. arteria (ед. число) aa. arteriae (мн. число) ant. anterior b. bursa (ед. число) Bac. Bacillus Bact. Bacterium bb. bursae (мн. число) Ber определитель бактерий Берджи (Bergey’s manual of determinative bacteriology, 8 ed., 1974) BNA Базельская… …   Медицинская энциклопедия

  • МКБ-10: Класс III —   Международная классификация болезней 10 го пересмотра (МКБ 10) Класс I Некоторые инфекционные и паразитарные болезни Класс II Новообразования Класс III Болезни крови, кроветворных ор …   Википедия

  • МКБ-10: Класс III. Болезни крови, кроветворных органов и отдельные нарушения, вовлекающие иммунный механизм — Международная классификация болезней 10 го пересмотра (МКБ 10) Класс I Некоторые инфекционные и паразитарные болезни Класс II Новообразования Класс III Болезни крови, кроветворных органов и отдельные нарушения, вовлекающие иммунный механизм Класс …   Википедия

  • МКБ-10: Класс XX —   Международная классификация болезней 10 го пересмотра (МКБ 10) Класс I Некоторые инфекционные и паразитарные болезни Класс II Новообразования Класс III Болезни крови, кроветворных органов и отдельные нарушения, вовлекающие иммунный ме …   Википедия

  • МКБ-10: Код Y — Международная классификация болезней 10 го пересмотра (МКБ 10) Класс I Некоторые инфекционные и паразитарные болезни Класс II Новообразования Класс III Болезни крови, кроветворных органов и отдельные нарушения, вовлекающие иммунный механизм Класс …   Википедия

  • Хронический панкреатит — МКБ 10 K86.086.0 K86.186.1 МКБ 9 577.1 …   Википедия

  • Инфекцио́нные боле́зни — (позднелат. infectio заражение) группа болезней, которые вызываются специфическими возбудителями, характеризуются заразительностью, циклическим течением и формированием постинфекционного иммунитета. Термин «инфекционные болезни» был введен… …   Медицинская энциклопедия

  • МКБ-10: Класс IV — Список классов Международной классификации болезней 10 го пересмотра Класс I. Некоторые инфекционные и паразитарные болезни Класс II. Новообразования Класс III. Болезни крови, кроветворных органов и отдельные нарушения, вовлекающие иммунный… …   Википедия