GROMACS

GROMACS

Тип	Моделирование
Разработчик	университет Гронинген
Написана на	C
Операционная система	Кроссплатформенный
Последняя версия	4.5.5 (20.09.2011)
Лицензия	GNU General Public License
Сайт	http://www.gromacs.org/

GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulations, дословный перевод названия — Гронингенская Машина для Химического Моделирования) пакет молекулярной динамики для моделирования физико-химических процессов, первоначально разработанный группой Германа Берендсена из департамента биофизической химии Гронингенского университета, сейчас развивается и поддерживается благодаря усилиям энтузиастов из разных стран, включая университет Уппсалы, Королевский технологический институт. Пакет предназначался в основном для моделирования биомолекул (белки и липиды), имеющих много связанных взаимодействий между атомами, но так как GROMACS обеспечивает высокую скорость расчётов для несвязанных взаимодействий. Считается, что это один из самых быстрых инструментов. GROMACS является свободным программным обеспечением с открытым исходным кодом, выпущенным под лицензией GPL.

См. также

• CHARMM
• NAMD
• VMD
• Charm++
• LAMMPS

Ссылки

• Официальный сайт (англ.)
• Моделирование в GROMACS (практическое руководство) (рус.)
• Gromacs — установка и конфигурирование под PVM & Linux (рус.)
• Gromacs — установка и конфигурирование под OpenMPI & Linux (рус.)
• Gromacs — установка и конфигурирование для nVidia GPU & Linux (рус.)
• GROMACS on GPUs (рус.)

Программы, используемые при моделировании из «первых принципов»

• Gaussian
• CPMD
• CRYSTAL
• ABINIT — свободная программа
• GAMESS (US)
• PC GAMESS

Для улучшения этой статьи желательно?: Дополнить статью (статья слишком короткая либо содержит лишь словарное определение). Найти и оформить в виде сносок ссылки на авторитетные источники, подтверждающие написанное.