R-фактор

R-фактор (называемый иногда остаточным (англ. residual) или фактором достоверности(англ. reliability)) — в кристаллографии мера согласованности между кристаллографической моделью и экспериментальным массивом рентгеновских данных^[1]. Иными словами, является оценкой того насколько расшифрованная структура способна предсказать наблюдаемые результаты. Вычисляется по формуле:

$R = \frac{ \sum{||F_{obs}| - |F_{calc}|| } }{ \sum{ |F_{obs}|}}$

где F — структурный фактор, а суммирование ведется по всем наблюдаемым отражениям рентгеновского излучения и по их вычисленным противоположностям (с индексами Миллера -h, -k, -l). Структурный фактор F связан с интенсивностью отражения приблизительно как:

$I_{hkl} \propto |F(hkl)|^2$

Для больших молекул, R-фактор обычно находится в пределах от 0.6 (когда сравнивается случайный набор отражений с данной моделью) и 0.2 (для хорошо уточненных макромолекул, снятых с высоким разрешением). Маленькие молекулы (до 300 атомов) обычно образуют более упорядоченные кристаллы, чем большие, что позволяет добиться меньших значений R-фактора. В Кембриджской базе кристаллографических данных более 95 % из 400,000+ кристаллов имеют R-фактор менее 0,15 и 9,5 % менее 0.03.

Примечания

1. ↑ Morris AL, MacArthur MW, Hutchinson EG, Thornton JM (April 1992). «Stereochemical quality of protein structure coordinates». Proteins 12 (4): 345–64. DOI:10.1002/prot.340120407. PMID 1579569.

См. также

• Структурный фактор
• Функция Паттерсона

Связать^?

На эту статью не ссылаются другие статьи Википедии. Пожалуйста, воспользуйтесь подсказкой и установите ссылки в соответствии с принятыми рекомендациями.