Le jeu propose un mode histoire de style arcade. Bien que le jeu couvre vaguement les événements du manga original depuis la premier partie de l'histoire jusqu’à l’invasion de Konoha, les douze histoires du jeu sont conçues pour représenter les événements du point de vue de différents personnages et, par conséquent, certains d’entre eux restent différents de la source originale. (comme Neji déclaré vainqueur de son combat avec Naruto). Le jeu a été apprécié pour ses décors à la « manga ».
Naruto: Ultimate Ninja ne propose pas une histoire propre au jeu, mais se contente d'un « scénario » pour chaque personnage du jeu (sauf Kyubi Naruto et Sasuke maudit). Chaque scénario est en fait une succession de combats (6 par scénarios, à l'exception de Haku et Zabuza où le nombre de combat est de 4) entrecoupés par dialogues. Ceux-ci reprennent, pour leur grande majorité, l'histoire du manga.
Le joueur contrôle l’un des personnages de l’anime et du manga Naruto. Le but simple est de combattre le personnage adverse et de gagner en réduisant son état de santé à zéro. En plus des diverses armes disponibles pour les personnages, leurs diverses capacités spéciales sont directement issues de la série (Rasengan de Naruto Uzumaki). Pour utiliser ces attaques, cependant, le joueur doit avoir le chakra requis, comme indiqué par les barres de chakra situées sous la santé du joueur. L'utilisation de cette technique draine la barre de chakra (qui peut être récupérée par diverses méthodes, y compris des méthodes spéciales, spécifiques à certains caractères). Ces techniques spéciales ne sont toutefois pas exécutées en temps réel. Une fois le film exécuté avec succès, une cinématique prend place. Le joueur doit soit remplir une barre d’un niveau spécifique, soit appuyer sur les boutons illustrés dans le coin de l’écran plus rapidement que leur adversaire pour que l’attaque soit à son maximum. Tous les personnages peuvent utiliser le jutsu de substitution, bien que certains personnages utilisent des versions différentes (il existe deux variantes de substitution: une qui échappe aux attaques normales et une autre qui entame un bras de fer.comme un mini-jeu après avoir jonglé avec un adversaire).
