Il est formé en à Jever, à partir de la 9. Flieger-Division. Le , ce Corps est renommé IX. Fliegerkorps (J), prenant le contrôle de plusieurs kampfgeschwadern alors qu'ils étaient en conversion d'unités de bombardiers pour devenir des escadrilles de chasseurs. Le , il est renommé IX. (J) Fliegerkorps, et est responsable de la défense aérienne de l'Allemagne, en remplacement de l'ancien Groupe I. Jagdkorps.