Бисульфитное секвенирование

Бисульфитное секвенирование (Bisulfite sequencing) — это применение бисульфитной обработки к ДНК для определения паттерна метилирования.

Метилирование ДНК было первой описанной эпигенетической модификацией и поэтому наиболее изучено. У животных обычно метилирование заключается в присоединении метильной группы к пятому атому углерода остатка цитозина в составе динуклеотида CpG и влечет за собой снижение активности гена.

Методы анализа метилирования ДНК, иные, чем ПЦР, специфичный к метилированию. После бисульфитной конверсии геномная ДНК амплифицируется при помощи ПЦР, которая не различает метилированные и неметилированные последовательности. Для разделения ампликонов после бисульфитной конверсии в таком случае применяют различные методы.

Суть метода

Бисульфитное секвенирование основано на том факте, что обработка ДНК бисульфитом превращает остатки цитозина в урацил, но не затрагивает остатки 5-метилцитозина. Дальнейший анализ сводится к различению однонуклеотидных полиморфизмов, и к разделению в сиквенсах цитозинов и тиминов.

Другие методы вместо обработки бисульфитом для различения метилирования аллелей предполагают специфическую по метилированию рестрикцию и иммунопреципитацию метилированной ДНК (MeDIP).

Для обзора подходов к анализу ДНК, обработанных бисульфитом, см. следующие обзоры.^[1][2][3][4]

См. также

• Секвенирование

Ссылки

1. ↑ Fraga MF, Esteller M: DNA methylation: a profile of methods and applications. Biotechniques 2002, 33:632, 634, 636-649
2. ↑ El-Maarri O: Methods: DNA methylation. Adv Exp Med Biol 2003, 544:197-204
3. ↑ Laird PW: The power and the promise of DNA methylation markers. Nat Rev Cancer 2003, 3:253-266
4. ↑ Callinan PA, Feinberg AP: The emerging science of epigenomics. Hum Mol Genet 2006, 15 Spec No 1:R95-101