Protein Data Bank

Protein Data Bank

Protein Data Bank, PDB — банк данных 3-D структур белков и нуклеиновых кислот. Информация, полученная методами рентгеновской кристаллографии или ЯМР-спектроскопии, вносится в базу данных биологами и биохимиками со всего мира, и доступна бесплатно через интернет.

PDB является один из важнейших ресурсов для учёных, работающих в области структурной биологии. Большинство научных журналов и некоторые фонды финансирования исследований, например, NIH в США требуют от авторов статей и получателей грантов, чтобы все структурные данные были размещены в PDB. Protein Data Bank содержит, в основном, первичные данные о структуре биологических молекул, в то время как существуют сотни других банков данных, категоризирующих первичные данные или выявляющие закономерности между строением молекул и эволюционным родством.[1]

Содержание

История

Protein Data Bank был создан обычными учёными.[1] В 1971 году, Уолтер Хэмилтон (англ. Walter Hamilton) в Национальной лаборатории Брукхавена (англ. Brookhaven National Laboratory)) создал банк данных для Брукхавена. После смерти Хэмилтона в 1973 году, PDB управлял Том Кэцтл (англ. Tom Koeztle). В январе 1994 года главой Protein Data Bank стал Джол Суссман (англ. Joel Sussman).

В октябре 1998 года[2] Protein Data Bank был перенесён в Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB); перенос информации был закончен в июне 1999 года. Новым директором стала Хелен Берман (англ. Helen M. Berman) из Университета Рутгерса.[3] В 2003 году, после образования wwPDB (англ. Worldwide Protein Data Bank), Protein Data Bank стал международной организацией. Помимо RCSB, основателями wwPDB являются Protein Data Bank in Europe (PDBe), Protein Data Bank in Japan (PDBj) и Bilogical Margnetic Resonance Bank (BMRB).

База данных

База данных Protein Data Bank обновляется еженедельно (в 0:00 часов по всемирному координированному времени, UTC, по средам). По состоянию на 31 января 2012, база данных содержит:

Метод
исследования
Белки Нуклеиновые кислоты Комплексы белков
и нуклеиновых кислот
Другое Всего
Дифракция рентгеновских лучей 64591 1337 3187 2 69117
ЯМР 8108 966 186 7 9267
Электронная микроскопия 277 22 101 0 400
Смешанный 42 3 2 1 48
Другое 138 4 5 13 160
Всего: 73156 2332 3481 23 78992
58512 структуры в PDB содержат файл со структурным фактором
6572 структур имеют файл ЯМР с геометрическими ограничениями
343 структуры имеют файл ЯМР, содержащий экспериментально определенные химические сдвиги

Преобладающая часть структур получена при помощи метода диффракции рентгеновских лучей, около 15 % — при помощи ЯМР белков, и лишь малая часть — при помощи крио-электронной микроскопии.

Некоторое время количество структур в PDB росло экспоненциально, но с 2007 года, прирост несколько пригас.


Каждая структура, опубликованная в PDB получает четырёхзначный идентификатор (комбинация цифр и букв латинского алфавита). Данный шифр не может служить идентификатором биомолекул, так как часто разные структуры одной и той же молекулы, например, в различной среде, могут иметь различные PDB ID.

Программное обеспечение

Структуры могут быть просмотрены при помощи нескольких компьютерных программ (как бесплатных и распространяющихся по лицензии open source, так и платных, распространяющихся не с открытым кодом) и плагинов к веб-браузерам.[4]

  • Программа QuteMol позволяет открывать и просматривать файлы с расширением *.pdb и *.vdb

Примечания

  1. 1 2 Berman, H. M. (January 2008). «The Protein Data Bank: a historical perspective». Acta Crystallographica Section A: Foundations of Crystallography A64 (1): 88–95. DOI:10.1107/S0108767307035623.
  2. Berman, H. M.; et al. (January 2000). «The Protein Data Bank». Nucleic Acids Res. 28 (1): 235–242. DOI:10.1093/nar/28.1.235. PMID 10592235.
  3. RCSB PDB Newsletter Archive. RCSB Protein Data Bank. Архивировано из первоисточника 13 апреля 2012.
  4. см. en:Category:Molecular_modelling_software

Внешние ссылки



Wikimedia Foundation. 2010.

Смотреть что такое "Protein Data Bank" в других словарях:

  • Protein Data Bank — Saltar a navegación, búsqueda El Protein Data Bank (PDB) (Banco de Datos de Proteínas) es una base de datos en 3 D sobre estructura de las proteínas y ácidos nucleicos. Estos datos, generalmente obtenidos por Cristalografía de rayos X o… …   Wikipedia Español

  • Protein Data Bank — The Protein Data Bank (PDB) is a repository for 3 D structural data of proteins and nucleic acids. These data, typically obtained by X ray crystallography or NMR spectroscopy and submitted by biologists and biochemists from around the world, are… …   Wikipedia

  • Protein Data Bank — Pour les articles homonymes, voir PDB. La banque de données sur les protéines du Research Collaboratory for Structural Bioinformatics, plus communément appelée Protein Data Bank ou PDB est une collection mondiale de données sur la structure… …   Wikipédia en Français

  • Protein Data Bank — Die Protein Data Bank (PDB) ist eine Datenbank für 3D Strukturdaten von Proteinen und Nukleinsäuren. Die Strukturdaten wurden üblicherweise durch Kristallstrukturanalyse oder NMR Spektroskopie erhalten. Sie ist die zentrale Datenbank für alle… …   Deutsch Wikipedia

  • Protein Data Bank — El Protein Data Bank (PDB) (Banco de Datos de Proteínas) es una base de datos en 3 D sobre estructura de las proteínas y ácidos nucleicos. Estos datos, generalmente obtenidos por Cristalografía de rayos X o Resonancia Magnética Nuclear, son… …   Enciclopedia Universal

  • Protein Data Bank (file format) — pdb Filename extension .pdb, .ent, .brk Type of format chemical file format The Protein Data Bank (pdb) file format is a textual file format describing the three dimensional structures of molecules held in the Protein Data Bank. The pdb format… …   Wikipedia

  • RCSB Protein Data Bank — Protein Data Bank Pour les articles homonymes, voir PDB. La banque de données sur les protéines du Research Collaboratory for Structural Bioinformatics, plus communément appelée Protein Data Bank ou PDB est une collection mondiale de données sur… …   Wikipédia en Français

  • Worldwide Protein Data Bank — The Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) is a group of organizations that act as data centers for deposition, processing and distribution for data in the Protein Data Bank. Its mission is to maintain a single Protein Data Bank archive of… …   Wikipedia

  • Conformational dynamics data bank — Content Description conformational dynamics of proteins and supramolecular protein assemblies. Contact Primary Citation …   Wikipedia

  • Data sharing — is the practice of making data used for scholarly research available to other investigators. Replication has a long history in science. The motto of The Royal Society is Nullius in verba , translated Take no man s word for it. [1] Many funding… …   Wikipedia


Поделиться ссылкой на выделенное

Прямая ссылка:
Нажмите правой клавишей мыши и выберите «Копировать ссылку»