FastPCR

FastPCR

Тип	биоинформатика
Автор	Руслан Николаевич Календарь
Разработчик	PrimerDigital Ltd.
Операционная система	Windows, Linux (Wine)
Аппаратная платформа	PC
Последняя версия	6.3.15 (2012)
Лицензия	условно-бесплатная
Сайт	primerdigital.com/fastpcr.html

FastPCR универсальная среда для подбора ПЦР праймеров и проб, для in silico ПЦР, анализа олигонуклеотидов, выравнивания ДНК последовательностей, поиска ДНК повторяющихся последовательностей и других инструментов для бионформорматике.

Возможности программы

Программное обеспечение FastPCR представляет собой интегрированную среду, в которой предоставляются комплексные средства для подбора любых ПЦР праймеров: как для стандартной ПЦР, для длинных ПЦР фрагментов (англ. Long-range PCR), для одновременной и многолокусной (Multiplex PCR (англ.)), обратной ПЦР (Inverse PCR (англ.)) для кольцевых молекул, количественной ПЦР в реальном времени, групп-специфической ПЦР для родственных последовательностей (англ. Group-specific PCR) (общие праймеры для всех исследуемых последовательностей), уникальной ПЦР (англ. Unique PCR) (в котором задача состоит в амплификации только конкретной последовательности среди родственных последовательностей); подбор праймеров для перекрывающегося ПЦР (Overlap extension polymerase chain reaction (англ.)) для объединении нескольких ПЦР продуктов в один общий ПЦР продукт.

Программа автоматически обнаруживает микросателлитные локусы (SSR) и подбирает праймеры для этого участка. Подбор праймеров также возможен и для аминокислотной последовательности. Для сборки длинных ДНК фрагментов из коротких олигонуклеотидов, служит инструмент (полимеразное цепное объединение).

Программное обеспечение использует как стандартные так и вырожденные последовательности праймеров в том числе и для расчета температуры плавления праймеров основываясь на термодинамических параметрах ближайший соседей.

in silico ПЦР позволяет производить поиск комплементарные последовательности к праймерам или пробам на последовательности генома или на хромосомах, и прогнозирование вероятных продуктов ПЦР, а также поиск не специфических участков связывания праймера или зонда. Виртуальная ПЦР полезна для вычисления температурой плавления связывания пробы или праймера с ДНК мишенью, а также для вычисления температуры отжига в ПЦР.

Длинные олигонуклеотиды могут быть подобраны для анализа с помощью микрочипов, и других таких молекулярных проб в количественном ПЦР.

ПЦР праймеров анализируются на наличие вторичных структур, включая обнаружение Хугстиновских структур типа G-квадруплекс, петель, внутримолекулярных и межмолекулярных димеров в паре праймеров.

FastPCR имеет возможность работать с длинными последовательностями как хромосомы, а также со списком индивидуальных нуклеиновых кислот и белковых последовательностей. Программа позволяет редактировать последовательность и проводить её анализ.

Программа выявляет различные типы повторяющихся последовательностей.

В программу входят различные инструменты для биоинформатики для анализа сдвига в нуклеотидной последовательности как GC, AT, пуринов и пиримидинов, анализа лингвистической сложность последовательности; генерации случайной последовательности ДНК, поиск сайта рестрикции для I-II-III типов рестриктаз, а также для поиска и искусственная генерации сайта рестрикции в кодирующей последовательности.

Программа поддерживает кластеризацию последовательностей и поиска последовательностей.

Другие программы

• Webtools for PCR, qPCR, in silico PCR and oligonucleotides
• FinnZymes Webtools for PCR and qPCR
• Oligomer Web Tools
• IDT SciTools
• NCBI/Primer-BLAST(Primer3)

См. также

• Биоинформатика
• Полимеразная цепная реакция

Литература

• Kalendar R, Lee D, Schulman AH 2011. Java web tools for PCR, in silico PCR, and oligonucleotide assembly and analysis. Genomics, 98(2): 137—144.
• Kalendar R, Lee D, Schulman AH 2009. FastPCR Software for PCR Primer and Probe Design and Repeat Search. Genes, Genomes and Genomics, 3(1):1-14.

Ссылки

• FastPCR официальный сайт программы
• Цитирование программы FastPCR