Clustal

Clustal
Clustal Omega
Тип

Биоинформатика
Разработчик

Des Higgins, Fabian Sievers, David Dineen и Andreas Wilm (Conway Institute, UCD)
Написана на

C++
Операционная система

UNIX, Linux, Mac, Windows
Последняя версия

1.1.0 (25.04.2012)
Сайт

clustal.org/omega/
ClustalW/ClustalX
Тип

Биоинформатика
Разработчик

Gibson T. (EMBL), Thompson J. (CNRS), Higgins D. (UCD)
Написана на

C++
Операционная система

UNIX, Linux, Mac, Windows
Последняя версия

2.1 (17.11.2010)
Сайт

clustal.org

Clustal (англ. Cluster alignment) — одна из самых широко используемых компьютерных программ для множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей[1].

Программа представлена в трех версиях:

  • ClustalW — с интерфейсом командной строки[2].
  • ClustalX — с графическим интерфейсом[3].
  • Clustal Omega — более современная версия программы, позволяющая выравнивать сотни последовательностей в течении нескольких часов и являющаяся одной из наиболее эффективных программ для множественного выравнивания по данным тестов производительности[4]. В этой разновидности используется только интерфейс командной строки.

Примечания

  1. ↑ Frédéric Dardel, François Képès. Bioinformatics: Genomics and Post-Genomics. Wiley. 2006. p.54
  2. ↑ Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG (2007). «ClustalW and ClustalX version 2». Bioinformatics 23 (21): 2947–2948. DOI:10.1093/bioinformatics/btm404. PMID 17846036.
  3. ↑ Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F, Jeanmougin F, Higgins DG (1997). «The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools». Nucleic Acids Research 25 (24): 4876–4882. DOI:10.1093/nar/25.24.4876. PMID 9396791.
  4. ↑ Sievers F, Wilm A, Dineen DG, Gibson TJ, Karplus K, Li W, Lopez R, McWilliam H, Remmert M, Söding J, Thompson JD, Higgins DG (2011). «Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega». Mol Syst Biol 7 7 (539). DOI:10.1038/msb.2011.75.

Ссылки


Wikimedia Foundation. 2010.

Игры ⚽ Поможем написать курсовую

Полезное


Смотреть что такое "Clustal" в других словарях:

  • Clustal W — Clustal Entwickler: Gibson T. (EMBL), Thompson J. (CNRS), Higgins D. (UCD) Aktuelle Version: 2.10 (14. Oktober 2008) Betriebssystem …   Deutsch Wikipedia

  • Clustal — Entwickler Gibson T. (EMBL), Thompson J. (CNRS), Higgins D. (UCD) Aktuelle Version 2.1 (17. November 2010) Betriebssystem Unix, Linux, Mac OS X, Microsoft Win …   Deutsch Wikipedia

  • Clustal — Desarrollador Gibson T. (EMBL), Thompson J. (CNRS), Higgins D. (University College Dublin) Clustal Información general Última versión estable 2.1 1 …   Wikipedia Español

  • Clustal — Developer(s) Gibson T. (EMBL), Thompson J. (CNRS), Higgins D. (UCD) Stable release 2.1 / 17 November 2010; 11 months ago (2010 11 17) Written in C++ …   Wikipedia

  • ClustalW — Clustal Entwickler: Gibson T. (EMBL), Thompson J. (CNRS), Higgins D. (UCD) Aktuelle Version: 2.10 (14. Oktober 2008) Betriebssystem …   Deutsch Wikipedia

  • ClustalX — Clustal Entwickler: Gibson T. (EMBL), Thompson J. (CNRS), Higgins D. (UCD) Aktuelle Version: 2.10 (14. Oktober 2008) Betriebssystem …   Deutsch Wikipedia

  • Multiple sequence alignment — A multiple sequence alignment (MSA) is a sequence alignment of three or more biological sequences, generally protein, DNA, or RNA. In many cases, the input set of query sequences are assumed to have an evolutionary relationship by which they… …   Wikipedia

  • Alineamiento múltiple de secuencias — Un alineamiento múltiple de secuencias (MSA, por sus siglas en inglés) es un alineamiento de tres o más secuencias biológicas, generalmente proteínas, ADN o ARN. En general, se asume que el conjunto de secuencias de consulta que se ingresa como… …   Wikipedia Español

  • Alineamiento de secuencias — Un alineamiento de secuencias en bioinformática es una forma de representar y comparar dos o más secuencias o cadenas de ADN, ARN, o estructuras primarias proteicas para resaltar sus zonas de similitud, que podrían indicar relaciones funcionales… …   Wikipedia Español

  • Sequence alignment — In bioinformatics, a sequence alignment is a way of arranging the sequences of DNA, RNA, or protein to identify regions of similarity that may be a consequence of functional, structural, or evolutionary relationships between the sequences.[1]… …   Wikipedia


Поделиться ссылкой на выделенное

Прямая ссылка:
… Нажмите правой клавишей мыши и выберите «Копировать ссылку»